Custom Mode ponúka hráčom upraviť si nadchádzajúcu hru v Slay the Spire podľa vlasnej chuti.
Vďaka približne 15 prepínačom si bude možné prispôsobiť pravidlá hry. Niektoré dovoľujú poskladať si balíček kariet pred štartom hry, obmedzujú možnosť postupu po hernej mape, pridávajú špeciálne karty a podobne. Možností je veľa a vývojári plánujú časom pridávať ďalšie. Dokonca by jedného dňa malo byť možné vytvoriť si vlastné modifikátory hry prostredníctvom jednoduchého užívateľského rozhrania, no to je ešte vzdialená budúcnosť.
V rámci Custom Mode je možné upraviť si hru podľa seba zdieľať svoje nastavenie hry s ostatnými hráčmi, čiže časom môžu vzniknúť rôzne zoznamy tých najťažších Slay the Spire výziev.
Aby ste si mohli zahrať herný režim Custom Mode, je potrebné mať achievmnet My Lucky Day. Získať ho ale nie je nič extra zložité. Stačí splniť jednu z „difficulty daily challange“ a následne dostanete achievment, čo sprístupní nový herný režim.
{gifplayer}/31832/31832-anim1.gif{/gifplayer}
