Cave Story

Hráčova postava sa prebudí v jaskyni a nepamätá si, ako sa tam ocitla. Nájde dedinu Mimigov, ktorých prenasleduje Doktor. Doktorovi sluhovia Misery a Balrog hľadajú Sue Sakamoto, dievča, ktoré bolo premenené na Mimigu. Keď ju nenájdu, omylom namiesto nej unesú inú Mimigu menom Toroko. Hráč nájde Sue vo vajíčkovej chodbe, kde objaví vajcia nebeského draka, ktoré by jej v prípade vyliahnutia mohli umožniť únik z plávajúceho ostrova. Sue sa pokúsi zachrániť svojho brata Kazumu, ale King, vodca dediny Mimiga, ju zajme a obviní ju zo zodpovednosti za únos Toroka. Sue poverí hráča úlohou získať Kazumu z mesta Grasstown. Po jeho oslobodení sa stretnú s profesorom Boosterom, ktorý prezradí, že Doktor plánuje použiť červené kvety na Mimigách na vytvorenie armády, ktorá by ovládla povrchový svet. Booster pošle hráča do Pieskovej zóny, aby zničil červené kvety skôr, ako ich Doktor nájde. Hráč sa tam stretne s Curly Braceovou, robotkou, ktorá si tiež nepamätá na svoju minulosť, a Jenkou, starou čarodejnicou, ktorá je Miseryinou matkou a strážkyňou červených kvetov. Jenka nazýva hráčovu postavu "vojakom z povrchu", jedným z mnohých, ktorí boli vyslaní na ostrov, aby vyvraždili Mimigov. Misery hráča prenesie do Labyrintu hlboko vo vnútri ostrova ako trest za narušenie Doktorových plánov. Kudrnáč Brace bol tiež uvrhnutý do Labyrintu a spolupracujú, aby unikli. Balrog im pomôže posunúť balvan blokujúci východ a odhalí svoju láskavú povahu. Dvojica nájde a porazí Jadro, magickú bytosť, ktorej sila drží ostrov nad vodou. Doktor však zasiahne, aby ho zachránil skôr, než sa ostrov zrúti. V závislosti od určitých podmienok môže hráč zachrániť Curly Brace, ktorá obetovala svoju nádrž so vzduchom, aby zachránila hráčsku postavu. Keď sa vráti do dediny Mimiga, zistí, že Doktor zajal Mimigov. Vo vajíčkovej chodbe Kazuma ponúkne hráčovi možnosť utiecť s ním z ostrova pomocou nebeského draka, čo vedie k alternatívnemu koncu, v ktorom Doktor dobyje povrchový svet, zatiaľ čo Kazuma a hráč sa ukryjú v horách. Hráč si namiesto toho môže vybrať konfrontáciu s Doktorom a zničenie Jadra ostrova, čím by sa Mimigovia vrátili do normálu. Hráč sa vyšplhá po vonkajšej stene ostrova a dostane sa na plantáž, kde Doktor využíva Mimigov ako otrokov na pestovanie červených kvetov. Doktorovi sluhovia ho zajmú a umiestnia do väzenskej cely spolu so Sue. Tú odvedú skôr, ako sa hráč prebudí, ale z jej listu sa dozvie, že Doktor bol členom výskumnej výpravy, ktorej súčasťou bola aj Sueina rodina a profesor Booster, ale zradil ich, keď našiel Korunu démonov. Sue nasmeruje hráča, aby našiel jej matku, ktorá môže mať plán, ako Doktora zastaviť. Ak hráč predtým zachránil Curly Brace, môže nájsť predmet, ktorý jej vráti spomienky. Spomenie si, že hráčova postava sa volá Quote a že to neboli vraždiaci roboti, ktorí v minulosti vyvraždili Mimigov. Namiesto toho boli vyslaní zničiť Korunu démonov, aby zabránili tomu, aby sa jej moc dostala do nesprávnych rúk. Quote nájde Sueinu matku Momorin, ktorá stavia raketu, ktorá umožní prístup na vrchol ostrova, kde sídli Doktor. Po tom, čo jej pomôže dokončiť raketu, Quote sa stretne s Misery a Doktorom. Doktor očistil esenciu červených kvetov do kryštálu, ktorý mu umožňuje prežiť aj po tom, čo Quote zničí jeho telo. Doktorov duch ovládne Jadro ostrova, ale Quote sa podarí zničiť aj to, čo spôsobí, že ostrov začne padať k Zemi. Za určitých podmienok môže hráč postúpiť do bonusovej fázy s názvom Krvavá svätyňa, kde je uväznený tvorca Koruny démonov Ballos. Ballos, Jenkin brat, bol mocný čarodejník, ktorý sa po mučení zbláznil. Utrpenie prinútilo Ballosa vytvoriť Korunu démonov, ale ona a Balrog sa stali prekliatymi, aby slúžili tomu, kto ju vlastní. S pomocou Kudrnáča Cita porazí Ballosa a zastaví zdroj negatívnej energie, ktorý spôsoboval pád ostrova, čím zachráni jeho obyvateľov. Balrog ich zachráni skôr, než ich rozdrví Ballosovo rúcajúce sa väzenie - poslala ho Misery ako poďakovanie za zrušenie jej kliatby. Citát, Kudrnáč a Balrog opustia ostrov, aby v pokoji dožili svoje dni.