Prototype

Hra sleduje Alexandra J. Mercera (nahovoril ho Barry Pepper), ktorý sa prebudí v márnici v suteréne spoločnosti Gentek, ktorá sa zaoberá genetickým inžinierstvom a sídli na Manhattane, a pošle na útek dvojicu vedcov, ktorí sa práve chystali vykonať pitvu. Alex utečie a stane sa svedkom toho, ako vedcov zastrelia vojenskí agenti. Alex je objavený a napadnutý. Prežije streľbu do hrude a preskočí stenu do bezpečia. Čoskoro zistí, že teraz má mocné schopnosti meniť podobu, nadľudskú silu, rýchlosť, obratnosť, odolnosť, zmysly, výdrž, zbrane a schopnosť "konzumovať" ľudí, aby získal ich spomienky, schopnosti a vzhľad. Keďže si Alex nepamätá svoj predchádzajúci život, rozhodne sa nájsť a skonzumovať osoby spojené so sprisahaním, aby odhalil pravdu. Počas svojho pátrania Alex čelí dvom frakciám: námornej pechote Spojených štátov a Blackwatch, špeciálnej jednotke z Fort Detrick, ktorá sa venuje boju proti biologickej vojne, a Infikovaným, netvorom vytvoreným vírusom známym ako BLACKLIGHT, ktorý ovláda Manhattan. Kapitán Robert Cross (nahovoril ho Jeffrey Pierce), dôstojník Blackwatch, dostane rozkaz nájsť a zadržať Alexa. Alex nadviaže kontakt so svojou sestrou Danou (nahovorila ju Lake Bell), ktorá mu pomáha pri sledovaní cieľov, čo vedie k infiltrácii centrály Genteku. V budove nájde uzavretú mladú ženu menom Elizabeth Greeneová. Greeneová je hostiteľkou BLACKLIGHT a po svojom úteku ho vypustí na Manhattan. Dana nasmeruje Alexa na Karen Parkerovú, jeho bývalú priateľku. Tá súhlasí, že mu pomôže zastaviť vírus, pričom od Alexa požaduje, aby priniesol vzorky vírusu. Karen neskôr zavedie Alexa do pasce, kde ho konfrontuje Cross. Počas ich súboja Alex takmer porazí Crossa, keď Cross spomenie "Penn Station", čo spustí retrospektívu, ktorá Alexa omráči. Alexovi je vpichnutý parazit, ktorý hrozí, že ho zabije. Alex hľadá pomoc u doktora Raglanda, patológa spojeného s Gentekom. Ragland pomôže Alexovi odstrániť parazita a premeniť ho na zbraň proti Greenovi. Na Greene to však nemá žiadny účinok, pretože jej telo parazita okamžite odmietlo a z odmietnutej biomasy sa vytvorí obludná bytosť, Najvyšší lovec, ktorého Alex zabije. Pôvod vírusu a Elizabeth Greeneovej sa odhalí vďaka kontaktu: v roku 1969 vláda testovala v Hope v štáte Idaho predchodcu vírusu, ktorý bol navrhnutý tak, aby sa zameriaval na vopred určené rasy. Vírus zmutoval na niečo oveľa smrteľnejšie a nakazilo sa celé obyvateľstvo. Elizabeth Greenová bola jediná, ktorá prežila; anomália v biológii jej tela prijala vírus a prepísala jej genetický kód spolu s genetickým kódom jej nenarodeného syna s krycím menom PARIAH. Zostávajúce obyvateľstvo Hope v štáte Idaho zlikvidovala organizácia Blackwatch. Greene a PARIAH boli držaní v zajatí na ďalší výskum. Alex objavuje svoju vlastnú minulosť: Blackwatch zastavila projekt Gentek kvôli úniku informácií a nariadila likvidáciu všetkých pracovníkov projektu. Alex Mercer si vzal vzorku BLACKLIGHT ako "poistku". Nakoniec ho Blackwatch prichytí na Penn Station. Alex v poslednom akte zúfalstva a pomsty rozbije fľaštičku obsahujúcu BLACKLIGHT, čím uvoľní vírus, a potom ho zastrelia. Vírus sa cez diery po guľkách dostal do Mercerovho krvného obehu a opravil jeho telo na bunkovej úrovni. Kontakt a Alex napumpujú do podzemia novú biologickú látku "BLOODTOX", aby vírus vyhnali nad zem, kde sa s ním dá priamo bojovať, čo spôsobí, že sa objaví Greene, uzavretý vo vysokej oblude. Greene po porážke z monštra vypadne v ľudskej podobe a Alex ho pohltí. Prostredníctvom jej spomienok vyjde najavo, že generál Randall, šéf Čiernej hliadky, je pripravený zničiť Manhattan jadrovou zbraňou. Kontakt, ktorý sa odhalí, je Cross. Alex s pomocou kapitánov prenikne na USS Ronald Reagan, aby Randalla zastavila. Keď Alex pohltí Randalla, odhalí sa, že Cross je Najvyšší lovec, ktorý po jeho pohltení prijal Crossovu identitu, a zaútočí na Alexa s tvrdením, že keď Blackwatch opustí NYZ, už nebudú hľadať nakazených, a že keď pohltí Alexa, bude potom dostatočne silný na to, aby prežil jadrový výbuch. Alex porazí Najvyššieho lovca a helikoptérou premiestni zbraň do Atlantického oceánu, kde vybuchne a zachytí ho výbuch. Jeho pozostatky odplávajú späť do mesta a po skonzumovaní vrany sa zregenerujú. Počas titulkov sa ukáže, že verejnosť považuje armádu za toho, kto zastavil nákazu; americký senátor sa nechá počuť, ako hovorí médiám, že udalosti na Manhattane boli prípadom jadrového a biologického terorizmu, a sľubuje odplatu zodpovedným. Alex, ktorý sa zamýšľa nad udalosťami, ktoré sa stali, a nad pravdou, ktorú o sebe odhalil, tvrdí, že sa "stal niečím menej ako človekom, ale aj niečím viac". Po titulkoch sa ukazuje, že Manhattan sa pomaly zotavuje, vírus bol takmer úplne zlikvidovaný. Alex, stojaci na vrchole budovy Reuters na Times Square, komentuje, že jeho práca je takmer hotová.