Sonic the Hedgehog 3 & Knuckles

Na konci hry Sonic the Hedgehog 2 zostrelili hrdinovia, ježko Sonic a jeho spoločník Miles "Tails" Prower, svoje vajce smrti z obežnej dráhy. Keďže vajce smrti napokon nebolo úplne zničené, havarovalo na Plávajúcom ostrove, čím sa dostalo do oceánu pod ním. Tento ostrov má zvláštne vlastnosti - v neposlednom rade je to jeho rovnomenná schopnosť magického pozastavenia. Keď Dr. Robotnik zistí v hlbinách ostrova prítomnosť obrovského smaragdu Chaosu, rozhodne sa opäť hľadať smaragdy Chaosu, aby sa jeho spadnuté vajce smrti mohlo opäť dostať na obežnú dráhu vo vesmíre. Svoju zdrvujúcu porážku opäť premení na elegantnú výhodu, unesie Zvieratká, aby ich premenil na Badnikov a vytvoril novú líniu zbraní. Medzitým sa Knuckles ako zvyčajne prechádza popri Smaragdovom oltári, aby skontroloval, či sú Smaragdy v poriadku, zrazu sa z ničoho nič ozvalo obrovské zemetrasenie, Knuckles uvidel, ako sa Smaragdy odrážajú vo vzduchu, omráčený sa zrazu vymrštil do vzduchu a potom stratil vedomie. Keď sa prebral, smaragdy Chaosu boli preč, ale Knuckles v diaľke uvidel aj obrovské vajce, prekvapilo ho to, potom si spomenul na legendu o starovekom drakovi, ktorý bol na konci čias vyslaný zničiť svet, myslel si, že toto tajomné vajce je ten drak, na ktorého sa vydal, a... Z ničoho nič sa zjavila obrovská postava v tvare vajca, ktorá si hovorila "Dr. Eggman", vysvetlil Knucklesovi, že sem prišiel študovať toto obrovské vajce a že zlý ježko Sonic sa snaží nielen narušiť jeho výskum, ale aj ukradnúť smaragdy Chaosu. Knuckles, oklamaný doktorom, utekal nájsť tohto záškodníka. Eggman sa sám na seba usmial, spokojný so svojou schopnosťou klamať. Hneď po udalosti z filmu Sonic 3, kde sa orbitálna zbraň doktora Robotnika, vajce smrti, poškodí v súboji so Sonicom a havaruje späť na Angel Island. Sonic prechádza jednotlivými zónami a snaží sa získať smaragdy Chaosu, aby porazil Robotnika, a opäť sa dostáva do konfliktu s Knucklesom, ktorý sa domnieva, že Sonic sa snaží smaragdy ukradnúť pre seba. V zóne Hidden Palace Sonic bojuje s Knucklesom a porazí ho. Obaja počujú pred komnatou rozruch a vyjdú von, kde nájdu doktora Robotnika, ktorý ukradol Master Emerald, tajomstvo levitačných schopností ostrova. Knuckles sa pokúsi zaútočiť na Robotnika, ale dostane elektrický šok a je spolu so Sonicom uväznený v podzemnej chodbe. Knuckles, ktorý si uvedomí, že Sonic je na jeho strane, mu ukáže portál, ktorý ich zavedie do Nebeskej svätyne, kde sa obnovuje vajce smrti. Sonic pokračuje v infiltrácii do Vajca smrti a ako Super Sonic porazí Robotnika. Knucklesov príbeh, ktorý sa odohráva po udalostiach Sonicovej kampane, sa začína v Mushroom Hill,[b] kde oddychuje so svojimi zvieracími priateľmi, ale vyruší ho bomba zhodená EggRobo. To podnieti Knucklesa, aby ho prenasledoval, čo ho vedie cez náročnejšie verzie väčšiny tých istých zón, ktorými prešiel Sonic. Naháňačka sa končí v poškodených zvyškoch Sky Sanctuary, kde na Knucklesa zaútočí robot Mecha Sonic, ale namiesto toho náhodou zničí EggRobo. Po krátkom boji Mecha Sonic využije silu Master Emeraldu, aby dosiahol Super formu podobnú Sonicovej. Knucklesovi sa podarí poraziť Super Mecha Sonica, ktorý exploduje. Sonic priletí pilotovať dvojplošník Tornádo a Knuckles si stopne, aby vrátil Master Emerald na Angel Island. Ak sa vyzbierajú všetky smaragdy Chaosu, Angel Island sa zdvihne do výšky, do neba. Ak však hráč nezbieral všetky smaragdy Chaosu, Knuckles nemôže vrátiť Master Emerald a Angel Island sa zrúti do oceánu.