Sonic the Hedgehog 3

Po tom, čo Sonic na konci hry Sonic the Hedgehog 2 porazí doktora Robotnika, jeho vesmírna stanica Death Egg havaruje na mystickej plávajúcej pevnine s názvom Angel Island (alebo jednoducho "plávajúci ostrov", ako sa nazýva v príručke k hre). Keď Dr. Robotnik začne opravovať poškodenú stanicu, stretne sa s Echidnou Knucklesom, posledným žijúcim členom starobylej civilizácie Echidnov, ktorá kedysi obývala ostrov. Je tiež strážcom Master Emerald, ktorý ostrovu poskytuje levitačné schopnosti. Keďže vie, že sa ho Sonic a Tails pokúsia vystopovať, a uvedomuje si, že môže použiť Master Emerald na pohon lode, Dr. Robotnik oklame Knucklesa a presvedčí ho, že sa mu Sonic snaží ukradnúť Emerald. Krátko nato sa Sonic a Tails vo svojom dvojplošníku Tornádo vydávajú hľadať Dr. Robotnika. Sonic, ktorý vlastní smaragdy z udalostí Sonic 2, sa potom zmení na Super Sonica. Hneď ako dorazia, Knuckles prepadne Sonica z podzemia a vyrazí z neho smaragdy Chaosu, čím ho vráti do normálneho stavu. Knuckles ukradne smaragdy a zmizne vo vnútrozemí. Keď Sonic a Tails prechádzajú úrovňami, takmer v každej úrovni narazia na Knucklesa, ktorý im bráni v postupe. V poslednej úrovni, v zóne Launch Base, sa po druhý raz odpáli vajce smrti, ktoré zhodí Knucklesa zo stĺpa a pošle ho padajúceho do vody. Sonic cestuje na plošinu na vajci smrti, bojuje a naposledy porazí Robotnika. Po Robotnikovej porážke je vidieť poškodené a padajúce vajce smrti, po ktorom sa zrúti späť na Angel Island - čo vedie k druhej polovici príbehu v hre Sonic & Knuckles.