Mega Man X3

Zero, ktorý sa vrátil ako lovec neregulárnych jednotiek, sa stal veliteľom špeciálnej jednotky Zero a spolu s X, ktorý pôsobil ako veliteľ 17. elitnej jednotky, a ďalšími lovcami v jednotke pokračovali v zametaní neregulárnych jednotiek. V tom istom čase Dr. Doppler, repliloid vedeckého typu, uskutočnil výskum, ktorý odhalil skutočnosť, že príčinou nepravidelností je počítačový vírus "Sigma Virus", vyvinul špeciálny vírus s protilátkami a navrhol, aby sa vstrekoval do repliloidov. Výsledkom bolo, že počet nezrovnalostí sa znížil. Okrem toho doktor Doppler vyhlásil, že vybuduje "Doppeltown", mierové mesto, kde by mohli ľudia a replikanti spolunažívať, a získal si podporu ľudí aj replikantov. O niekoľko mesiacov neskôr sa však Doppler a jeho repliroidi, ktorí boli vystavení spomínanému vírusu protilátok, vzbúrili. Nepravidelní lovci uznali Dopplera a účastníkov vzbury za nepravidelných a X a Zero dostali rozkaz ísť do akcie.