Mega Man Zero

Viac ako sto rokov po porážke Sigmy v sérii Mega Man X bola vytvorená nová vláda s názvom Neo Arcadia, ktorá má za úlohu udržať mier. Vodcovia Neo Arcadie začali loviť Reploidov a nespravodlivo ich označovali za Mavericks. Teraz je jedinou nádejou pre Reploidov legendárny Reploid: Červený hrdina, ktorý sa volá Zero. Ciel, ktorý cíti, že Reploidi boli obvinení neprávom, utečie z Neo Arkádie a vytvorí odboj proti Neo Arkádii. Hra sa začína, keď je Ciel a malá skupina vojakov odboja prenasledovaná Panteónmi a Golemami. Niektorí vojaci odboja zaostávajú, ale nedokážu zastaviť ich postup. Prenasledovaný Ciel sa dostane k obrovským dverám. Passy, jej kyberelf, hovorí: "Cítim, že odtiaľto vyžaruje silná energia. Toto musí byť to miesto." Potom vojaci vyhodia dvere do vzduchu a Ciel, Passy a Milan vstúpia do miestnosti, uprostred ktorej leží Zeroovo mŕtve telo, nečinné už 100 rokov. Milan sa ho pokúsi dotknúť, ale odrazí ho energetický štít, ktorý chráni Zera. Kým sa snažia zistiť, ako štít obísť, vo dverách sa objavia Panteoni. Milan prikáže Cielovi, aby utiekol, a zomrie, pričom ho zasiahne jeden z Panteónov. Passy povie Cielovi: "Musíš použiť moju silu. Nemáš na výber." Ciel sa zamyslí, zatiaľ čo Pantheoni prichádzajú čoraz bližšie, a smutne súhlasí. Passyho obeť prelomí energetický štít a vráti Nula späť k životu. Pomáha Cielovi a dozvedá sa, že Mega Man X (hoci v skutočnosti ide o kópiu) je zodpovedný za to, že nevinní reploidi sú na dôchodku.