Metroid Fusion

Hra sa začína, keď Samus Aran pôsobí ako ochranka výskumného tímu Biologic na planéte SR388. Nakoniec ich konfrontuje Hornoad, ktorého Samus zabije. Z Hornoada sa však pri jeho zničení vynorí guľovitý žltý organizmus (X), ktorý sa dostane do Samusinho tela. Samus nepociťuje žiadne počiatočné účinky, pokračuje v sprevádzaní výskumníkov a dokončí úlohu. Na ceste späť do laboratória však Samus stratí vedomie a jej bojová loď narazí do pásu asteroidov. Núdzové systémy lode automaticky katapultujú Samusin únikový modul, čím ju zachránia pred haváriou, ale jej bojová loď je úplne zničená. Samus rýchlo ošetrí lekárska posádka, ktorá zistí, že tvor, ktorý sa dostal do jej tela na SR388, bol v skutočnosti parazitický organizmus, ktorý čoskoro pomenujú X. Samus infikovaná 2 Samus nakazená parazitom X. Organické súčasti Samusinho energetického obleku sa natoľko spojili s jej systémom, že sa nedali odstrániť, kým bola v bezvedomí. Veľké časti jej infikovaného obleku museli byť chirurgicky odstránené, čo dramaticky zmenilo jej vzhľad. X v Samusinom centrálnom nervovom systéme však bolo príliš zakorenené, aby sa dalo bezpečne odstrániť; Samusina šanca na prežitie bola nižšia ako jedno percento. Metroidi sú jediným známym predátorom X; keďže však Samus v predchádzajúcej misii zničila všetkých Metroidov na SR388, X sa mohli nekontrolovane množiť. Lekári to považovali za kľúč k jej vyliečeniu a navrhli použiť metroidskú bunku zo Samusinho mŕtveho Baby Metroida na výrobu vakcíny proti X. Federácii sa zrejme podarilo uchovať bunkovú kultúru z Baby, ktorá Samus zachránila, keď bola druhýkrát na Zebese. Sérum bolo pripravené a bez meškania vstreknuté, pričom úplne zlikvidovalo X. Boli tu však dva vedľajšie účinky: Samus už nemohla byť zranená normálnymi X a dokonca ich mohla absorbovať, aby si doplnila zdravie a muníciu, ale zdedila aj zraniteľnosť Metroidov voči chladu. Po zotavení je Samus poslaná vyšetriť výbuch na výskumnej stanici Biologic Space Laboratories, kde sa nachádzajú vzorky zo SR388 a infikované časti jej energetického obleku. Po príchode na stanicu Samus okamžite zamieri do karanténnej oblasti, kde sa stretne s Hornoadom, ktorý bol nakazený parazitom X, a zabije ho. Samus sa rozpráva s počítačom svojej novej bojovej lode (ktorého pomenovala "Adam", pretože jej pripomína bývalého veliteľa) a dozvedá sa, že vzorky, ktoré priniesol poľný tím, sa nakazili X. Počítač tiež prezradí, že X dokáže použiť DNA svojej obete na vytvorenie dokonalej kópie, čo znamená, že akýkoľvek organický život na stanici môže byť tiež nakazený. SA-X 1 SA-X. Keď Samus pokračuje v prieskume stanice, zistí, že X použili infikované časti jej silového obleku na vytvorenie kópie samotnej Samus, nazvanej SA-X (alebo Samus Aran-X). Keďže SA-X vznikla zo Samusinho plne vylepšeného Silového obleku, má všetky jej schopnosti, o čom svedčí aj použitie Silovej bomby na útek z karanténneho zálivu. Výbuchom bomby SA-X zničila aj kapsule s exemplármi X, čím ich všetky vypustila na stanicu. Samus počas svojho skúmania stanice narazí na laboratórium s obmedzeným prístupom v zariadení. Tu nájde desiatky detských Metroidov a niekoľko ďalších Metroidov v rôznych štádiách zrelosti, všetci sú v stázi; boli to výsledky projektu klonovania, o ktorom Samus predtým nevedela. Krátko po tom, čo ich Samus objaví, sa SA-X pokúsi zničiť svojich predátorov, ale jej plán sa zvrtne: Metroidi sa uvoľnia a v dôsledku toho sa aktivujú núdzové poistky. Samus sotva unikne, kým sa laboratórium úplne zablokuje a je vymrštené zo stanice, pričom exploduje nad SR388. Po incidente v obmedzenom laboratóriu sa Samus rozpráva s počítačom svojej lode, ktorý je nahnevaný kvôli objavu a následnému zničeniu metroidov. Počítač jej vysvetlí, že Federácia tajne pracovala na programe šľachtenia Metroidov na "mierové účely". Počítač prezradí, že prostredie stanice SRX, replika ekosystému SR388, bolo ideálne na chov Metroidov Alfa, Gama, Zeta a dokonca Omega. Výskum odhalil techniky rýchleho rastu, ktoré umožnili, aby z dieťaťa vyrástol Metroid Omega za niekoľko dní. Nanešťastie, SA-X sledovala Samus a prenasledovala ju až do laboratória. K Samusinmu prekvapeniu sa počítač tiež zmieňuje o tom, že SA-X sa rozmnožuje nepohlavne a na palube stanice ich nie je menej ako 10. Neskôr počítač Samus povie, že spôsobila dosť škody, a dá jej pokyn, aby zvyšok vyšetrovania prenechala Federácii. Federácia sa zjavne o X a SA-X zaujímala a verí, že táto forma života má nekonečné možnosti využitia. Samus, ktorá na vlastné oči videla ničivé schopnosti SA-X, je rozhodne proti. Je presvedčená, že X premôže jednotky Federácie hneď po pristátí a pohltí pritom ich sily a vedomosti. Ak sa tak stane, môžu sa ľahko rozšíriť po celej galaxii a "galaktická civilizácia skončí". Ako alternatívu sa Samus rozhodne aktivovať autodeštrukčný mechanizmus stanice, aby zničila X, pričom riskuje vlastný život. Počítač jej lode však Samus uzamkne v navigačnej miestnosti, pretože Federácia nariadila, aby ju držala pod zámkom až do ich príchodu. Zúfalá Samus kričí na počítač: "Nenechajte ich to urobiť. Nevidíš, čo sa stane, Adam?" Počítač, zmätený použitím tohto mena, sa spýta, kto bol ten Adam. Samus prezradí, že bol jej predchádzajúcim veliacim dôstojníkom a zomrel pri záchrane jej života. Počítač, očividne dojatý Samusiným odhalením, súhlasí s plánom a navrhne, že ak by Samus zmenila obežnú dráhu stanice, mohla by do výbuchu zahrnúť aj planétu, čím by zabezpečila zničenie X na planéte SR388, ako aj tých na stanici. V tej chvíli si Samus uvedomí, že počítač jej lode je skutočne Adam Malkovich, ktorého osobnosť bola pred jeho smrťou nahraná do počítača. Samus sa ponáhľa do operačnej miestnosti, kde ju konfrontuje SA-X. Podarí sa jej ho poraziť, ale jeho jadro-X unikne skôr, ako ho stihne absorbovať. Samus ignoruje jeho útek, spustí sekvenciu autodeštrukcie a ponáhľa sa späť na svoju loď. Nájde však dokovaciu stanicu v troskách a svoju loď preč. Skôr než stihne na situáciu zareagovať, objaví sa Omega Metroid, ktorý zrejme unikol z obmedzeného laboratória pred jeho zničením a v rekordnom čase narástol do plnej veľkosti. Samus nemá žiadnu zbraň, ktorá by bola schopná metroidovi ublížiť, a jediné švihnutie jeho pazúrom zníži jej energetické zásoby na jednu jednotku. Keď sa ju Omega Metroid chystá doraziť, SA-X sa vráti a zaútočí na Metroida ľadovým lúčom, čím ho zraní. Bola však značne oslabená zo súboja so Samus a Metroid ju rýchlo porazí. Tentoraz sa Core-X vznáša nad Samus, čo jej umožní absorbovať ho a získať "nemenovaný oblek", ako aj ľadový lúč a obnoviť jej genetický stav do stavu pred očkovaním. Pomocou svojich znovuzískaných schopností Samus bojuje s Omega Metroidom a po urputnom boji ho zabije. Po boji Samusina loď opäť vstúpi do zálivu, pričom ju pilotuje počítač, Adam a tí istí Etecooni a Dachorovia, ktorých zachránila počas predchádzajúcej misie na Zebes a neskôr na Obytnej palube. Keď Samus opúšťa stanicu, ukáže sa, ako narazí do SR388, zničí stanicu aj planétu a navždy zbaví vesmír X. Keď Samus uvažuje o svojich činoch, pochybuje, že ľudia pochopia, prečo zničila X, a ani si neuvedomia nebezpečenstvo, ktorému sotva zabránila. Samus verí, že ju budú brať na zodpovednosť za to, že sa vzoprela Federácii, ale Adam ju upokojuje a hovorí jej: "Neboj sa. Jeden z nich to pochopí. Jeden z nich musí." Záverečné zamyslenie Samus pokračuje: "Všetci sme viazaní svojimi skúsenosťami. Sú to hranice nášho vedomia. Ale nakoniec ľudská duša vždy dosiahne pravdu... To ma naučil Adam."