Prototype 2

Dva roky po udalostiach z pôvodnej hry seržant James Heller po návrate z turné v Iraku zistí, že jeho manželka a dcéra sú vyhlásené za mŕtve, čo ho prinúti znovu sa zapojiť do boja proti vírusu Blacklight. Heller je informovaný o predchádzajúcich epidémiách v Idahu v 60. rokoch a v NYZ v udalostiach prvej hry. Neskôr nájde Mercera a začne ho prenasledovať. Heller prenasleduje Mercera kvôli pomste a Mercer ho infikuje kmeňom, ktorý mu vtlačí podobné nadľudské schopnosti. Po strate vedomia sa Heller prebudí v laboratóriu Žltej zóny, kde na ňom experimentujú vedec Gentek Dr. Anton Koenig a plukovník Blackwatch Douglas Rooks. Heller utečie zo základne Genteku, keď ho Mercer konfrontuje a tvrdí, že Gentek a Blackwatch sú zodpovední za obnovenie a kultiváciu vírusu Blacklight, čím sú zodpovední za druhú infekciu a smrť Hellerovej rodiny. Mercer odhalí svoje plány na zničenie Genteka a Blackwatch a ponúkne Hellerovi prímerie. Heller si nie je istý Mercerovými úmyslami, a preto sa obráti na miestneho pastora, otca Luisa Guerru, aby mu poradil a pomohol. Na základe informácií, ktoré mu Guerra poskytne, sa Heller nabúra do terminálov Blacknetu, aby zistil a sabotoval niekoľko ich operácií. Postupne sa prejedá cez Blackwatch, až nakoniec Heller nájde a konfrontuje Koeniga, ktorý tvrdí, že je na jeho strane, a odhalí program supervojaka Blackwatch s kódovým názvom "Orion". Heller zabráni projektu: Orion tým, že zabije supervojaka, ktorému bola vpichnutá jeho DNA. Po konzumácii jedného z vedúcich vedcov Heller zistí, že Koenig ho pozoroval, aby našiel jeho slabé miesta. Rozzúrený Koenigovou zradou ho Heller vystopuje, aby zistil, že má podobné schopnosti ako on a Mercer a je jedným z niekoľkých agentov "Evolved", ktorých Mercer nastrčil do Genteku a Blackwatch. Po porážke a pohltení doktora Mercer Hellerovi prezradí, že ho chce naverbovať v snahe ovládnuť NYZ. Jeho pochybnosti rastú, Guerra potom ukáže Hellerovi videozáznam, na ktorom Mercer druhýkrát vypustil vírus na Penn Station, na tom istom mieste, kde Mercer pôvodne vypustil a nakazil sa vírusom. Rozzúrený Mercerovým podvodom sa Heller vydá do Zelenej zóny, aby prenasledoval Mercerových poskokov vrátane agentky Evolved v Genteku menom Sabrina Gallowayová; po konfrontácii s Gallowayovou sa však Heller neochotne spojí s ňou, keď mu prezradí, že mu môže pomôcť zneškodniť Mercera. S pomocou Gallowayovej Heller čoskoro zistí, že Mercer plánuje infikovať celý svet prostredníctvom "Whitelight", kontaminovanej vakcíny uvoľnenej Gentekom, ktorá v skutočnosti slúži skôr na urýchlenie infekcie a evolúcie, než aby jej zabránila. Mercer, frustrovaný tým, že Heller sabotuje jeho plány, zabije otca Guerru; keď však nájde jeho mŕtvolu, smútiaci Heller použije Guerrov telefón, aby sa spojil s Athenou, Guerrovým kontaktom, ktorý sa ukáže ako Dana Mercerová. Dana mu vysvetlí, že Hellerova dcéra Maya je stále nažive, čo Hellera prinúti vydať sa do Červenej zóny, aby zlikvidoval Mercera a zachránil Mayu. Po tom, čo zabráni druhému pokusu Čiernej hliadky o zrovnanie Manhattanu so zemou, Rooks pomôže Hellerovi dostať sa k jeho dcére, len aby ho Galloway zradil a vzal Mayu k Mercerovi. Po konfrontácii s Mercerom mu prezradí, že plánuje vyriešiť medzinárodné konflikty a svetové problémy nakazením celého ľudstva, čím vlastne vytvorí Superorganizmus s Mayou v centre. Po tom, čo Mercer pohltí Gallowaya a zvyšných Vyvolených, títo dvaja sa pustia do krvavého súboja, z ktorého vyjde víťazne James, ktorý zabije a pohltí Mercera. Následne Heller vyhladí nakazených v NYZ spolu s väčšinou vírusu Blacklight; potom pomocou absorbovaných Mercerových spomienok Heller nájde a oslobodí Mayu a Danu z trezoru. Príbeh sa potom končí pohľadom trojice na New York, kým sa Dana začne pýtať, čo ďalej.