Syphon Filter 2

Niekoľko hodín po udalostiach z prvej hry sú Gabriel Logan a Lian Xing pre agentúru nepriateľmi štátu po tom, čo odhalili jej prepojenie so Syphon Filterom, a pre verejnosť sú označovaní za teroristov. Agentúrny agent Dillon Morgan zajme Liana v skladoch spoločnosti PharCom, čím prinúti Gaba a vojakov CBDC stretnúť sa s bývalou agentkou Agentúry Teresou Lipanovou v Arizone. Zároveň Agentúra vycvičí letku F-22 Raptors, aby zachytila ich transport nad coloradskými Skalnatými horami, a tak sa Gabe a poručík CBDC Jason Chance vydajú z hôr hľadať svoje lietadlo a škatuľu s dátovými diskami PharCom. Agent Steven Archer sa ich pokúša za každú cenu zastaviť. Skupina sprisahancov vrátane Mara Aramova a riaditeľa Agentúry Lylea Stevensa uzavrie dohodu o doručení vírusu darebáckemu čínskemu generálovi menom Shi-Hao. Lian sa medzitým zotavuje na základni amerického letectva, kde Morgan, Derek Falkan a Thomas Holman spolupracujú s doktorkou Elsou Weissingerovou z PharComu na získavaní infikovanej plazmy z testovacích subjektov. Lian sa dozvie, že druhým subjektom bol výkonný riaditeľ PharComu Jonathan Phagan, ktorý prežil svoje strelné zranenie dostatočne dlho na to, aby mu Agentúra mohla vziať plazmu. Weissingerová protestuje, že Phagan je užitočný a mali by ho ponechať nažive pre ďalší výskum, ale Morgan, ktorý nemá v úmysle, aby americká vláda zistila, že generálny riaditeľ Pharcomu je nakazený neznámym vírusom, deaktivuje jeho prístroje na podporu života, čím zaviaže voľný koniec. Lian utečie z lekárskej budovy a vypočúva Holmana, aby sa dozvedel, že Morgan plánuje ďalšiu operáciu do výstavného centra Pharcomu s cieľom nájsť šifrovací disk. Po zabití Falkana opustí základňu vo vrtuľníku a spojí sa s Gabom, aby bojovali proti Archerovým silám. Gabe počas úteku zastrelí Archera a získa údaje PharComu. Hlavní hrdinovia nasledujú Holmanovu stopu do výstavného centra a zabijú Morgana skôr, ako stihne získať hľadaný disk. Po dešifrovaní údajov PharComu Teresa zistí, že niektoré informácie chýbajú. Druhá polovica musí byť u riaditeľa ruskej SVR Uriho Gregorova, ktorý sa objavil v skladoch pred odchodom Gaba. Keďže Lian a Uri sa poznajú, dohodnú sa, že sa stretnú v Moskve. Aramov počas ich stretnutia vyvolá prestrelku a Lian Gregorova prenasleduje. Lian sa neskôr dozvie, že je to podvodník, ktorý pracuje pre Maru a snaží sa nájsť druhú polovicu údajov. Muž prizná, že skutočný Gregorov je v ruskom gulagu, v Alžírskom väzení, kde bol kedysi v zajatí Lian. Gregorov odhalil sprisahanie s cieľom predať vírus Ši-Hao, preto Aramov zasiahol. Lian zastaví Gregorovovu popravu, ale vírus ho takmer zabije a on skolabuje. Gabe ju vezme späť do Štátov, zatiaľ čo Gregorov sľúbi, že sa postará o Ši-Hao. Gabe a Teresa sa vrátia do úkrytu vo Virgínii, na ktorý dohliada Lawrence Mujari, patológ na voľnej nohe. Rozhodnú sa vymeniť údaje z PharComu s Agentúrou za Lianovu vakcínu. Riaditeľ Stevens podrazí Gaba v newyorských laboratóriách Agentúry, ale Logan utečie a prinúti doktora Weissingera, aby mu dal vakcínu. Gabe tiež zistí, že Chance prežil misiu v Colorade, a oslobodí ho. Prenasledovaný policajtmi z newyorskej polície SWAT a zamestnancami Agentúry sa Gabe ponáhľa späť k ich vrtuľníku. Cestou je Logan nútený poskytnúť krytie dôstojníkovi SWAT, ktorého partner je zranený. Urobí tak, ale Stevens, ktorý neskôr vezme policajta ako rukojemníka, mu prikáže, aby zložil zbrane. Napriek tomu, že Logan sa vzdáva, Stevens policajta aj tak zabije. Skôr než ho stihne zastreliť, Gaba zhodí do kanalizácie výbuch, ktorý Teresa spustí. Gabe predpokladá, že Chance zahynul v laboratóriách, keďže Teresa tvrdí, že sa k vrtuľníku nedostal. Gabe a Teresa nakoniec Stevensa zahnali do kúta a Gabe ho chladnokrvne zastrelí. Gabe a Teresa sa dostanú k helikoptére a nájdu Chancea, ktorý na nich čaká v nepreniknuteľnom pancieri vydanom Agentúrou. V skutočnosti pracoval pre nich a zastrelí Teresu. Gabe to tušil, keďže Agentúra vždy vedela, kde sa v Colorade nachádza. Obaja muži sa pobijú a Gabe zabije muža, ktorému dôveroval, útočnou brokovnicou, ktorá Chancea vrazí do lopatiek vrtuľníka, čím mu odsekne hlavu. V správach sa objaví, že existencia Agentúry je už verejná, a minister zahraničných vecí USA Vincent Hadden sľúbi, že vláda to vyšetrí. Gabe vylieči Liana a vymedzí hrob pre Teresu. On, Lian a Lawrence usporiadajú malú spomienkovú slávnosť a sľúbia si, že budú pokračovať v boji, zatiaľ čo vojaci ich z diaľky pozorujú. V scéne po titulkoch sa Hadden a Aramov vynoria z helikoptéry, pričom Aramov povie, že administratíva čoskoro padne a umožní Haddenovi stať sa prezidentom. Hoci tím vojakov žiada o povolenie zabiť Gaba a jeho tím, Hadden operáciu odvolá a povie Marovi, že má s Gabom iné plány. Aramov sa smeje, keď obrazovka zmizne do čierna.