Syphon Filter

Gabriel Logan a Lian Xing sú agenti Agentúry, ktorí sú na stope medzinárodného teroristu Ericha Rhoemera. V auguste 1999 sa agent Ellis pokúsil infiltrovať do Rhoemerovej drogovej operácie v Guácime na Kostarike, ale bývalý agent KGB Mara Aramov ho odhalil a popravil. Rhoemer potom nariadil francúzskemu žoldnierovi Antonovi Girdeuxovi, aby vypálil plantáž a ukryl dôkazy o ich výskume Syphon Filter. Vo Washingtone, D.C., zástupca riaditeľa Agentúry Edward Benton informuje o Loganovej misii riaditeľa Agentúry Thomasa Markinsona a tieňovú, nemenovanú postavu. O niekoľko týždňov neskôr Gabe a Lian vyšetrujú záhadnú vírusovú epidémiu v Himalájach, po ktorej zostal len jediný preživší. (Lian to označuje za nemožné.) Hra sa začína mesiac po udalostiach v Kostarike. Rhoemer a jeho teroristi začali útok na Washington, D.C. Gabe porazí Pavla Kravitcha, Rhoemerovho komunikačného experta, čo mu umožní dostať sa do washingtonského metra. Keď sa ocitne vnútri, vybuchne výbušnina a Gabe zostane uväznený v podzemí. Prenasleduje Aramovovú, chytí ju v tuneloch a potom sa vydá do neďalekého parku, aby pomohol zneškodniť niekoľko vírusových bômb, kde sa dozvie, že Aramovová ušla z väzby. Gabe sa dostane k Pamätníku slobody, kde si poradí s Jorge Marcosom, Rhoemerovým spúšťačom, a porazí ho, kým Girdeauxa nezoženie. Laboratórne výsledky ukazujú, že Syphon Filter je smrtiaca biologická zbraň novej generácie, schopná zamerať sa na špecifické demografické skupiny. Jonathan Phagan, výkonný riaditeľ a zakladateľ spoločnosti PHARCOM, sa zúčastňuje na slávnostnom podujatí v novom múzeu Expo Center v New Yorku, kde ho zajme Aramov a Benton sa odhalí ako dvojitý agent. Gabe zabije Bentona a oslobodí Phagana, ale Aramov, ktorý je zajatý, opäť uniká z väzby. Gabe odchádza na Rhoemerovu tajnú základňu v Rozove v Kazachstane. Zabije Rhoemerovho veliteľa Vladislava Gabreka a zničí základňu, ale Lian je zajatý a pravdepodobne zabitý Rhoemerom. Gabreka potom pošlú, aby prenikol do Rhoemerovej pevnosti v Užhorode na Ukrajine, ktorou je opustená katedrála. Gabe vpichuje pacientom s vírusom niečo, o čom je presvedčený, že je to protilátka, a zostupuje hlbšie do katedrály, aby zachránil Liana; ten mu vysvetlí, že na vírus neexistuje žiadna "globálna" protilátka. Nájdu aj Phagana, ktorého neskôr Aramov zabije. Rozhodne sa pomôcť Gabovi a Lianovi, pretože nemá kam ísť. Gabe potom prenikne do skladov PHARCOMu v Almaty v Kazachstane, kde ochranka PHARCOMu bojuje proti Rhoemerovým ľuďom. Gabe sa dozvie, že Markinson, ktorý tajne rokoval s Rhoemerom o získaní Syphon Filtra pre Agentúru, prinútil Gaba, aby pacientom vpichol chlorid draselný. Rhoemer odhalí, že sa zmocnil jadrovej ICBM zo sovietskej éry. Rhoemer zastrelí Markinsona a spustí odpaľovaciu sekvenciu rakety. Gabe nemôže zabrániť jej vypusteniu, takže jeho jedinou nádejou je spustiť jej autodeštrukčnú sekvenciu, keď už bude vo vyšších vrstvách atmosféry. Gabe úspešne zničí raketu. Rhoemer, rozzúrený Loganovým zásahom, sa s ním pustí do záverečného súboja. Gabeovi sa ho podarí zabiť a odvrátiť tretiu svetovú vojnu. V scéne po titulkoch drží tieňová postava zo začiatku hry vzorku Syphon Filter v sídle Agentúry s Aramovom, ktorý sa smeje.